主人公是德国斯瓦比亚区乡下一名内心孤独的女教师，讲述了她在深受学生和同事不经意伤害的折磨下精神濒于崩溃的故事。

毫不相干的两个人，一名孩童与一名老人在同一天失踪了。孩童的失踪马上被察觉了，老人的不见却是在数个小时后才被察觉到。我们分别跟随著两位失踪人物的照顾者－孩童的外婆与老人的孙子，看外婆不顾一切的寻找孩童时，老人的孙子却浪费时间在虚拟世界的战争游戏。故事的背景，人们正被SARS般的病毒侵害，然而在故事以外真实世界的某个地方，一场真正的战争正在夺走许多人民的性命。外婆发疯似地寻求生死两界帮忙寻找孩童，两者却都爱莫能助；而老人的孙子（如同一般孩童般倔强而自足）并不寻求任何人的帮忙，但他亦同样地迷失在原地打转。结尾是有些趣味的。疲惫的寻找结束后，两宗寻找终于在一个工地相交汇了。他们都没有找到想找的人，无可奈何茫然的端坐于此。而他们想找的人，就在这时携手出现了，仅仅与他们隔着一道铁板，只是他们看不见而已。人们没有看见李康生在片中出现。仅仅有的是老太太打了一通电话找她的儿子李康生。这时我们才恍然察觉，我们熟悉的那个小康已然长大并步入中年了。《青少年哪吒》中的少年小康，《爱情万岁》中的同性恋小康，《你那边几点》中的小贩小康，显然已经在蔡明亮的影片中走过青春年华，拖着微微发福的身体慢慢步入成人社会，在这这部影片里，他反而就成了真正“不见”了的主角。

沉迷于网络游戏的小捷（张捷）的亲人只有爷爷（苗天），但他同爷爷之间的感情相当疏离，某日发现爷爷不见了，开始了漫不经心的找寻工作。城市的另一边，一位嬷嬷（陆奕静）也正在心急火燎的找寻其在公园里丢失的孙子。两人的找寻心态虽然不同，却都是不达目的。 　　当他们在垂头丧气时有了找寻的交叉点时，发现不见的不仅是自己的亲人，日常熟悉的太多景象太多情感都似被填进了一个看不见的黑洞，在“眼皮底下”消失不见了，然而通过努力，它们有被找回的可能。

《低头不见抬头见》的小院人家，有着纠缠不清的矛盾，也有着难舍难分的情感，为开个大门，院里人明争暗斗，甚至有些不近人情，但当大门开开的时刻，大家迎来的却是破灭的梦幻与想不到的惊喜。院里的小旅店会住进形形色色的男女，但伴随着每一个不速之客的入住，都会带来一场不大不小的风波。透过小院的变迁，我们看到的是时代和传统在我们生活中的投影，透过小院的人情，我们读出的是岁月苍桑、世道人心。

电影分为三个发生在不同时期、地点但是相互有着关联的故事。 《背影》：陈经理受公司所托前往广西进行业务考察，在工厂里，他意外的遇见了和自己失散多年的父亲。如今的父亲已然垂垂老矣，他早已经认不出儿子的面庞了，而陈经理也似乎并没有和父亲相认的打算。 《湖畔》：陈德明刚刚喜为人父，一封来自监狱的信便冲淡了这份喜悦。原来，他曾经的挚友即将面临死刑的制裁，他要去新加坡送他最后一程。 《再见》：大学教授陈志彬前往泰国讲学，在那里邂逅了曾经的大学老师，两人重续了一段师生恋。

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电影《再见，在也不见》讲述了三个发生在不同地域又互有关联，关于亲情、友情、爱情的故事，着重描写人与人之间的地理、心灵和感情的距离。

《低头不见抬头见》的小院人家，有着纠缠不清的矛盾，也有着难舍难分的情感，为开个大门，院里人明争暗斗，甚至有些不近人情，但当大门开开的时刻，大家迎来的却是破灭的梦幻与想不到的惊喜。院里的小旅店会住进形形色色的男女，但伴随着每一个不速之客的入住，都会带来一场不大不小的风波。透过小院的变迁，我们看到的是时代和传统在我们生活中的投影，透过小院的人情，我们读出的是岁月苍桑、世道人心。

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